天文四年（１５３５）創始。祭神は日本武尊で、保田の海中から上った神鏡を日本武尊の御霊として、桜の馬場と言われていたこの地に祀ったのが始まりと伝わります。
馬場の名から、この辺りの豪族の屋型の馬術調練場だったと考えられ、桜の木が美しい場所だったと思われます。古くは八所御霊宮と称しましたが、明治になり保田神社と改称しました。社殿内には木造の神像四体、高さ３０センチ、摩耗が目立ちますが、延喜年間の作とも伝わります。
元和五年（１６１９）本社拝殿改築。寛文四年（１６５１）本社再建、明治三十二年（１８９９）現在の社殿を木造瓦葺に、翌三十三年、御影石の大鳥居に改築しました。これは大正十二年（１９２３）の関東大震災にも倒壊を免れましたが、修理には一年余りの歳月と多額の浄財を費やしました。この時、社殿を現在地に移し、屋根を銅板葺とし、拝殿を新築しました。
末社の大神宮（御伊勢様）は、天明（１７８１）、文化十年（１８１３）再建。
明治二十四年（１８９１）１２月、本郷字京田７１３（通称とうかん森）にあった厳島神社（祭神市杵島姫命外二神）を合祀しています。平成二十年に老朽化のため再建しました。例祭は旧暦7月16日17日18日でしたが、現在では9月に行われています。
