第十二代景行天皇の御宇、小戸神社と同じく松熊山にご鎮座されたが、寛文二年（1662年）九月十九日の西海大地震による洪水のため、社殿流失の災厄に遭い、のち下別府字下北山に再祀した。その後船持の人たち相談して赤江川（大淀川）の港脇へ祠を建て、水門の神として遷座申し上げ、ご社名は往古の鎮座地であった松熊山の松熊を付した。水門の神は禊祓い給いし、伊邪那岐命を主神に（ご鎮座地も今に小戸町）以下、この禊祓によって生れ出で給いし神々である。明治百年の昭和四十三年五月一日その記念事業としてご本殿の改築を行った。
