正保元年(1644)3代藩主大村純信おおむらすみのぶの創建。開山は荘蓮社心誉単冏上人。
領地改めで藩と百姓との争い合いになり、藩主自らこの地に検見場（けんみじょう）を設置して評議を行った。それに負けた百姓たちは上納の過重を負わされて、水喧嘩が激しくなる。その為、見廻リ役の足軽が争い、農夫を切ってしまう。
その為、百姓が蜂起。それをなだめる為、その足軽がこの地で切腹となる。 その後も水争いと不作が続いた。これは切腹した足軽の怨霊のせいだとの噂が立つ。 その怨霊を供養する為に堂宇を建てたのが専念寺の始まりであると伝わる。
